北京科學(xué)教育電影制片廠下設(shè)業(yè)務(wù)部門、技術(shù)部門和行政部門三大類別及五個下屬公司。
業(yè)務(wù)部門是影視節(jié)目制作和推廣發(fā)行的主要部門，包括總編室、中學(xué)生頻道、發(fā)現(xiàn)之旅頻道、廣告公司和音像出版社。其中總編室下設(shè)大家、芝麻開門、運動空間、探秘高清、創(chuàng)新無限、走近科學(xué)、原來如此、走遍中國、發(fā)現(xiàn)之旅（紀(jì)錄片頻道）等欄目。目前，科影廠擁有著優(yōu)秀的創(chuàng)作隊伍，有編導(dǎo)、攝影等創(chuàng)作人員190人，其中具有高級以上職稱的40余人，具有研究生學(xué)歷的近50人。
技術(shù)部門主要包括生產(chǎn)技術(shù)處和動畫部。其中生產(chǎn)技術(shù)處是支持影視節(jié)目制作和技術(shù)保障的重要部門，負(fù)責(zé)錄音、照明、影視節(jié)目制作、演播室節(jié)目錄制、特技制作、動畫制作、設(shè)備維護(hù)等影視生產(chǎn)任務(wù)的調(diào)度工作，下屬機(jī)構(gòu)主要包括技術(shù)科、演播科、播出科、設(shè)備維護(hù)部、計審科、視頻科、音頻科和照明科等。動畫部主要負(fù)責(zé)動畫的創(chuàng)作和制作。
行政部門包括黨委辦公室、工會、離退休處、廠辦、物業(yè)管理處、基建辦公室、保衛(wèi)處和人事處等，其中廠辦下設(shè)企劃部，物管處下設(shè)水電科和房管總務(wù)科，人事處下設(shè)勞資科和人事科。
科影下屬公司主要有北京科影音像出版社、北京科影廣告公司、北京科影博視文化有限公司、北京科楷文化傳播有限公司、北京科影中視文化公司等。
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中央新聞紀(jì)錄電影制片廠（北區(qū)） 北京科學(xué)教育電影制片廠（南區(qū)）
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